Kokonjärvi on Urjalan toiseksi suurin järvi, pinta-alaltaan viisi neliökilometriä. Kunnan lounaiskulmalla sijaitsevan järven tilanne on heikentynyt menneiden vuosikymmenien aikana. Matalana Kokonjärvi reagoi herkästi kuormitukseen. Etenkin loppukesästä sekä pitkien ja tyynien hellejaksojen jälkeen järven pinta värjäytyy usein leväkukinnoista, runsaimmin suojaisissa lahdenpoukamissa.